En 1998, Wisin & Yandel participaron en el álbum No Fear 3, producido por DJ Dicky, al año siguiente, en 1999, participaron en el álbum recopilatorio La Misión Vol. 1, editado por el sello Fresh Productions. En el año 2000 lanzaron su primer álbum de estudio, llamado Los reyes del nuevo milenio, donde consiguieron grabar con Tempo y Baby Rasta & Gringo. Luego continuaron haciendo colaboraciones en álbumes de varios artistas, tales como «Las 9 Plagas», «Boricuas NY», La Misión 2, entre otros. Luego grabaron tres nuevos álbumes: De nuevos a viejos (2001), Mi vida... my life (2003) y De otra manera (2004).

A pesar del éxito, se temió una separación del dúo en 2004, cuando aparecieron álbumes suyos por separado: Wisin lanzó El sobreviviente, mientras Yandel publicaba ¿Quién contra mí?. A pesar de su acogida, la posible separación de Wisin & Yandel no se concretó. El 8 de noviembre de 2005 el dúo presentó Pa'l mundo, con temas que se hicieron muy populares como «Rakatá» y «Noche de sexo», álbum que les valió una nominación a los premios Billboard.

Ese mismo año anunciaron la creación de su propio sello discográfico, WY Records, con el que publicaron el 7 de noviembre de 2006 Los Vaqueros, un álbum recopilatorio de reggaetón; este disco presenta a varios artistas, como Héctor el Father, Tony Dize, Franco el Gorila, Gadiel y Yomille Omar «El Tío», la mayoría de los artistas, firmados por su nuevo sello discográfico.